Publié le 2 juillet 2026

Blog Corinne Gerber – Oiseaux migrateurs et virus

« Ma thèse porte sur le rôle des oiseaux migrateurs en tant que vecteurs potentiels et leur contribution à l’introduction progressive de virus en Suisse. »

Les oiseaux migrateurs, réservoirs mobiles de virus transmis par les insectes et les tiques : observations en Suisse

On estime que plus de 2 milliards d’oiseaux se déplacent chaque année entre l’Europe et l’Afrique. Ces mouvements migratoires impressionnants entraînent toutefois d’importants risques épidémiologiques. Les oiseaux migrateurs sont de véritables « navettes biologiques » qui traversent les frontières et les continents en transportant des microorganismes pathogènes tels que virus, bactéries ou ectoparasites.

Un exemple bien connu est le virus du Nil occidental (VNO), du genre orthoflavivirus (autrefois appelé flavivirus), qui circule normalement via un cycle de transmission entre les moustiques (principalement du genre Culex) et les oiseaux. Il arrive toutefois que le virus se transmette également aux êtres humains et aux chevaux. En 2022, le VNO a été mis en évidence pour la première fois dans des populations de moustiques au Tessin. Elles étaient localisées dans la réserve naturelle Bolle di Magadino, une petite zone humide de renommée internationale dans laquelle des millions d’oiseaux migrateurs de tous horizons viennent se rassembler. Cette découverte a servi de point de départ à une étude approfondie des populations suisses d’oiseaux sauvages au Tessin.

Interview de Corinne Gerber

• Quel était l’objectif de votre thèse ?

  Lorsque le virus du Nil occidental (VNO) a été détecté pour la première fois en 2022 sur des moustiques au Tessin, on ignorait si les oiseaux sauvages indigènes, hôtes naturels, étaient déjà infectés sans toutefois manifester de symptômes. Pour tâcher d’en savoir plus, une surveillance active a été mise en place en collaboration avec l’Institut de microbiologie de la Haute école spécialisée de la Suisse italienne (SUPSI) à Bellinzone. Pour cela, nous avons suivi un processus en plusieurs étapes. Nous avons combiné des méthodes moléculaires spécifiques comme la réaction en chaîne par polymérase quantitative après transcription inverse (RT-qPCR) avec une méthode de séquençage de nouvelle génération (NGS) non spécifique pour analyser des écouvillons oropharyngés et cloacaux prélevés sur 496 oiseaux sauvages (42 espèces en tout) dans la réserve naturelle Bolle di Magadino.

  Le NGS permet de recenser l’intégralité du matériel génétique contenu dans un échantillon sans hypothèse préalable, en l’occurrence tous les virus présents dans un organisme (virome) sans cibler de virus spécifiques au préalable. Nous avons aussi procédé à l’analyse sérologique d’échantillons de sang pour détecter la présence d’anticorps dirigés contre les orthoflavivirus, dont fait partie le VNO. En complément, nous avons analysé des tiques collectées sur les oiseaux afin de déterminer l’éventuel rôle des vecteurs potentiels dans l’introduction de virus en Suisse au-delà des frontières écologiques.

• Quels sont les principaux résultats de votre thèse ?

  Des anticorps anti-orthoflavivirus ont été détectés dans 15 des 164 échantillons sanguins prélevés. C’est un résultat significatif, car cela prouve que les oiseaux ont survécu à une infection causée par les virus en question. Toutefois, en raison de la petite taille des espèces d’oiseaux étudiées, la quantité de matériel prélevé était très limitée (volume sanguin égal à 1 % maximum du poids corporel). Il a donc été malheureusement impossible de déterminer par quel orthoflavivirus spécifique les oiseaux avaient été infectés : on ignore s’il s’agissait par exemple du VNO, du virus Usutu (USUV) ou du virus de la méningo-encéphalite verno-estivale (virus de la MEVE). D’autres analyses ont permis d’exclure toute virémie active au moment du prélèvement. Cela étant, la présence des anticorps étaye l’hypothèse selon laquelle les oiseaux migrateurs pourraient jouer un rôle de vecteur et contribuer au transport progressif de virus vers la Suisse. Il est possible que ce processus ne résulte pas de la migration directe des oiseaux depuis les zones endémiques, mais de leurs haltes sur différents sites d’escale, ce qui pourrait favoriser l’apparition de nouveaux foyers de transmission par des populations de moustiques infectés. Enfin, les données indiquent que la composition du virome aviaire dépend fortement des sources d’alimentation et de l’habitat disponibles sur le lieu de prélèvement.

  La première détection du bole tick virus 4 (BLTV4) en Suisse est une découverte notable.

  Sur 22 tiques analysées, le virus a été mis en évidence sur 4 tiques appartenant à l’espèce Rhipicephalus turanicus. Bien que le BLTV4 appartienne à la famille des Flaviviridae, il ne s’apparente que de manière éloignée aux agents pathogènes humains tels que le VNO ou le virus de la MEVE.

• En quoi vos résultats vont-ils contribuer à faire avancer la recherche ?

  La détection pour la première fois en Suisse du BLTV4 chez des tiques du genre Rhipicephalus prouve que les oiseaux migrateurs font également office de vecteurs mécaniques, capables de transporter des ectoparasites infectés sur de longues distances et au-delà des frontières écologiques. Ces résultats montrent que les oiseaux servent de passerelles intercontinentales aux agents pathogènes. En analysant le virome des passereaux (Passeriformes), mes travaux comblent une lacune dans la surveillance mondiale des agents pathogènes chez les oiseaux qui, jusqu’ici, se concentrait pour l’essentiel sur les oiseaux d’eau (Anseriformes) et les gallinacés (Galliformes) ou sur les analyses dans le contexte des foyers de maladie.

• De quoi êtes-vous le plus fière dans ce travail ?

  C’était très intéressant de voir comment une idée de base se transforme pour aboutir à des résultats scientifiques concrets. Je suis particulièrement fière d’avoir démontré pour la première fois la présence du BLTV4 en Suisse. Comme j’avais peu de connaissances en technique de laboratoire quand j’ai commencé à l’IVI, ça a été une expérience très enrichissante et passionnante de procéder moi-même aux différentes étapes, de la préparation des échantillons à l’analyse des données NGS.

• Qu’avez-vous particulièrement apprécié dans la réalisation de votre thèse ?

  J’ai particulièrement apprécié la possibilité de participer concrètement à la surveillance épidémiologique en Suisse. Même si je n’étais malheureusement pas sur place lors des prélèvements au Tessin, je trouve formidable de voir comment des personnes travaillant sur des sites différents parviennent à collaborer. Je tiens à profiter de l’occasion pour remercier toutes les personnes qui se sont impliquées et ont contribué à la réalisation de ce projet.

• Que retenez-vous de votre temps passé à l’IVI ?

  Comme je viens du milieu de la médecine vétérinaire, mon passage à l’IVI a été une première immersion dans l’univers de l’analyse, de la recherche et du diagnostic. Le fait d’alterner entre le travail pratique en laboratoire, l’analyse complexe de données sur ordinateur et la présentation de mes résultats lors de symposiums m’a permis de vivre une expérience pas toujours simple mais passionnante et enrichissante.

• Quels sont vos prochains projets, qu’allez-vous faire ?

  Après avoir soutenu ma thèse, je resterai à l’IVI pour trois ans. Mon prochain objectif est d’obtenir le titre de vétérinaire spécialiste (FVH) en diagnostic de laboratoire et médecine fondamentale. Dans ce cadre, je vais continuer à me spécialiser dans les travaux de laboratoire et travailler dans différentes disciplines sur les sites de Mittelhäusern et de Berne. Ce n’est donc pas un « au revoir » ; je me réjouis de ces trois années qui m’attendent !