Der Begriff «Influenzavirus» beinhaltet eine Vielzahl von Viren, die durch ein Genom aus 8 oder 7 Segmenten einzelsträngiger RNA charakterisiert sind. Heute werden die Influenza-Viren in 4 Gattungen eingeteilt: Influenza A, B, C, und D, die alle zur Virusfamilie der Orthomyxoviren gehören. Influenza-B- und C-Viren sind fast ausschliesslich humanpathogene Viren. Influenza-D-Viren wurden erst kürzlich entdeckt. Sie infizieren und vermehren sich vor allem in Kühen, Schafen und anderen grossen Säugetieren.
Influenza-A-Viren stellen die grösste Gattung der Orthomyxoviren dar. Wildlebende Vögel, insbesondere Wasservögel, gelten als natürliches Reservoir für Influenza-A-Viren. Die aviären Influenzaviren lösen in den meisten Fällen keine Symptome in ihrem natürlichen Wirt aus. Allerdings können einige aviäre Influenzaviren zu hochpathogenen Formen mutieren, die bei Wildvögeln, insbesondere aber bei Nutzgeflügel, eine meist tödlich verlaufende Krankheit auslösen, die als «Klassische Geflügelpest» bekannt ist, und eine hochansteckende, meldepflichtige Tierseuche darstellt.
Influenza-A-Viren haben sich aber auch in verschiedenen Säugetierarten und im Menschen etabliert. Humane Influenza-A-Viren verursachen jedes Jahr zusammen mit Influenza-B-Viren saisonale Grippewellen, die vor allem bei älteren Personen und solchen mit anderen Erkrankungen einen schweren Verlauf nehmen können.
Das Hämagglutinin (HA) und die Neuraminidase (NA) sind die dominierenden Membranproteine in der Lipidhülle der Influenzaviren und sind wichtige Ziele der Immunantwort des Wirts. Beide Antigene sind aber durch Mutation bestimmter Bereiche einem ständigen Wandel, dem sogenannten «Antigendrift» unterworfen, wodurch es den Viren gelingt, der Immunantwort des Wirts zu entgehen. Das HA als auch die NA treten bei Influenza-A-Viren als verschiedene Subtypen auf, die sich sowohl serologisch als auch phylogenetisch deutlich voneinander unterscheiden. In der Vogelwelt zirkulieren verschiedene Influenza-A-Viren, die 17 verschiedene HA-Subtypen (H1-H16 + H19) und 9 verschiedene NA-Subtypen (N1-N9) in verschiedenen Kombinationen repräsentieren. In der humanen Bevölkerung zirkulieren dagegen zurzeit nur Influenza-A-Viren mit der Kombination H1N1 und H3N2. Die Konsequenz daraus ist, dass ein grosser Teil der Bevölkerung keinen Immunschutz gegenüber anderen Subtypen (z. B. H7N9) besitzt. In der Natur wurden bisher nur hochpathogene aviäre Influenzavirusstämme (HPAI) gefunden, die entweder zum Subtyp H5 oder H7 gehören. Die Analyse eines bestimmten Abschnitts des Genoms erlaubt eine genetische Unterscheidung von hochpathogenen und niedrigpathogenen aviären Influenzaviren. Die Speziesbarriere für aviäre Influenzaviren ist glücklicherweise recht hoch, so dass es Vogelgrippeviren nur in seltenen Fällen gelingt, sich im menschlichen Körper zu vermehren. Zumeist ist hierfür erst eine Anpassung der Viren an den neuen Wirt notwendig.
In seltenen Fällen gelingt es aviären Influenza-A-Viren, Säugetiere zu infizieren, die sowohl für aviäre als auch humane Influenza-A-Viren auch ohne Anpassung schon recht empfänglich sind, wie etwa Schweine oder Marder. Im Fall einer gleichzeitigen Infektion eines solchen Wirts mit einem humanen und einem aviären Influenza-A-Virus, können zwischen den beiden Viren Gensegmente ausgetauscht werden. Sind hiervon die RNA-Segmente betroffen, die für das HA und/oder NA kodieren, können Viren entstehen, die in der menschlichen Bevölkerung immunologisch «unbekannt» sind. Die Influenzapandemien der Vergangenheit können fast immer auf einen solchen «Antigenshift» zurückgeführt werden.
